O PEE combina a carga de especialização técnica com o desenvolvimento de conhecimento multidisciplinar. A visão sistêmica é estimulada no profissional com ações de aprimoramento das habilidades em comunicação, valorização do relacionamento interpessoal, da ética profissional e conhecimento da cultura, das pessoas e da estrutura da Embraer. Os cursos são complementados com visitas técnicas às áreas da Empresa, feiras de aviação, laboratórios, museus e participação em congressos e seminários.
O Programa está estruturado em três fases distintas com duração de 5 a 6 meses cada (Fundamentos de Aeronáutica, Especialização e Projeto do Avião). As aulas são ministradas de segunda a sexta, em período integral das 7h30 às 17h, por professores do ITA, especialistas da Embraer e consultores de diversos países. Para atividades de projeto em equipe, o PEE conta ainda com um seleto time de mentores – profissionais da Embraer tidos como referência técnica em suas áreas de atuação.